Kemal Kerinçsiz, Hrant Dink hakkında 301. madde kapsamında suç duyurusunda bulunmuş, her duruşma öncesi Şişli Adliyesi'nin önünde gösteri yapmıştı. Hakim Yalçınkaya da, Hrant Dink'in yargılandığı 301 davasına bakan hakimler arasında yer alıyordu. Dink'in öldürülmesinin ardından Yalçınkaya, Agos Gazetesi Yazı İşleri Müdürü Arat Dink ve İmtiyaz Sahibi Serkis Seropyan'ın 301. maddeden yargılandıkları davaya da baktı. Yalçınkaya, sanıkları birer yıl hapis cezasına çarptırmış, bu davanın gerekçeli kararı da çok ses getirmişti.

Yalçınkaya, gerekçeli kararda, Ermeni soykırımı iddialarının kabulünün Türkiye'yi sonu gelmez kavgalar ile terörün içine çekeceğini belirtmişti. Ergenekon terör örgütü yöneticisi olmaktan yargılanan Veli Küçük de davanın müdahillerindendi. Kerinçsiz'le Hakim Yalçınkaya'nın samimi konuşmaları kafaları karıştırırken Veli Küçük'ün de Şişli Adliyesi'ndeki bağlantıları sayesinde rahatladığı biliniyor. Küçük'le Kerinçsiz'in iddianameye yansıyan telefon görüşmelerinde bu durum açıkça görülüyordu. Dink'in ölümünden Küçük'ü sorumlu tutan birçok kişi peş peşe suç duyurularında bulunmuştu. Bu dönemde sık sık ifadesine başvurulan Küçük, Şişli Adliyesi'ndeki bağlantılarından söz ediyor. Küçük, bir telefon görüşmesinde Kerinçsiz'e, "Ben gittim o Şişli savcısına. Ya ordaki o çocuklar, savcılar tanıdıklarımmış benim. Hepsi geldiler meldiler şey yaptılar, gerekli ifadeyi verdik. Bi netice çıktı mı? Bıktık şu Hrant Dink denen heriften ya hu." diyordu. Bir başka görüşmede de, "Görüştüm Mecit de oradaydı, Mecit C. var, savcı. O gördü beni. Mecit aldı beni şey yaptı, öbür arkadaşımız o Naci Bey şeymiş duruşmadan çıkardılar falan. Söyledim verdim yani biraz da oturduk, sohbet ettik geldim ya." diyordu. Kerinçsiz de, "Tamam zaten verecekleri yine bunlar da takipsizlik kararı verecekler. Başka ne olacak yani." karşılığını veriyordu. Yine bir görüşmede Kerinçsiz, "E o takipsizlik kararı çıkar yani sorun yok onda ama yine de baktıracam yani." diyerek Küçük'ü teskin ediyordu.

Yalçınkaya, son olarak yazar Zihni Çakır'la ilgili gerekçeli kararıyla gündeme gelmişti. Zaman, kararı iki gün önce "Şişli'deki mahkemeden tuhaf Ergenekon yorumu" başlığıyla duyurmuştu. Kararın gerekçesinde öyle ifadelere yer verilmişti ki hem Silivri Cezaevi'nde yargılanmakta olan sanıklar aklanmış hem de Ergenekon manifestosuna imza atılmıştı. 12 Eylül 2008 tarihli gerekçeli kararda, terörle mücadele eden üst düzey görevlilerin benzer ithamlarla pek çok kez pasifize edilmeye çalışıldığı vurgulanarak, Çakır'ın kitapları da bu çerçevede değerlendirilmişti. Ergenekon'un yargıya intikal ettiği hatırlatılarak, Çakır'ın insanların TSK'ya olan güven ve inancını zaafa uğratmaya çabaladığı ileri sürülmüştü. En çok dikkat çeken hususlardan biri de Ergenekon iddianamesinde de yer alan birçok suçlamanın hayal mahsulü olarak değerlendirilmesiydi. Bunlar arasında PKK ve Hizbullah gibi terör örgütlerinin Ergenekon'la bağlantısı olduğu yönündeki iddialar da var. Gerekçeli kararda Ergenekon'un bir terör örgütü olduğu iddiasından çok 'milli bir destan' olmasına vurgu yapılmıştı.